[Octopus-users] Troubles on opteron
Marin-Alin Elena
Alin.Elena at qub.ac.uk
Wed Mar 2 10:12:12 WET 2005
Hi,
I succeeded to compile and install octopus 1.4 on an opteron system.
The troubles appear when I am running the Na2 file. I get a segmentation
fault.
the configure command is
./configure --prefix=/r/alin/OCTOPUS
--with-lapack=/r/alin/ACML/pgi64/lib/libacml.a
--with-blas=/r/alin/ACML/pgi64/lib/libacml.a --with-gsl-prefix=/r/alin/GSL
--with-fft=fftw3 --with-fft-lib="-L/r/alin/FFTW/lib/libfftw3f.a -lfftw3"
LDFLAGS=-Bstatic FC=pgf90 CC=pgcc CXX=pgCC F77=pgf77 FCFLAGS="-O4 -fast
-mcmodel=medium"
FFTW is 3.0.3
acml is 2.5
gsl 1.6
pg 5.2
compiling it with the standard blas, lapack,gsl, fftw provided by suse 9.1
distribution the problem is the same in the same point.
I put in attach the inp and the log file in debug mode.
the strangest thing is that on a 32 bits computer I had no problem with the
compilation
Cheers,
Alin
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Mr. Alin M. ELENA Home Address: 19 Mount Charles
PhD Student Room 1.3, BT7 1NY, Belfast, UK
Atomistic Simulation Group
School of Mathematics and Physics E-mail: Alin.Elena at qub.ac.uk
Queen's University Belfast elena_alin at yahoo.co.uk
Office: +44 (0)28 9097 3557
Mobile:+44(0)78 1771 4182 WWW:
Fax: +44 (0)28 9097 5359 http://titus.phy.qub.ac.uk/group/Alin/
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Mr. Alin M. ELENA Home Address: 19 Mount Charles
PhD Student Room 1.3, BT7 1NY, Belfast, UK
Atomistic Simulation Group
School of Mathematics and Physics E-mail: Alin.Elena at qub.ac.uk
Queen's University Belfast elena_alin at yahoo.co.uk
Office: +44 (0)28 9097 3557
Mobile:+44(0)78 1771 4182 WWW:
Fax: +44 (0)28 9097 5359 http://titus.phy.qub.ac.uk/group/Alin/
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# Sample data file.
# This is a simple data file. It would generate the ground-state calculation
# of the sodium dimer. Most of the options accepted by octopus are written
# here. Consult the manual for a brief explanation of them. Of course most
# of the options written here are ignored for this particular run, they
# are just written for informative purposes.
###############################################################################
# 1. Generalities.
###############################################################################
verbose = 9999
DebugLevel = 9999
SystemName = "Na2"
CalculationMode = gs_start
Units = "eVA"
#UnitsInput = a.u
#UnitsOutput = a.u
###############################################################################
# 2. Species.
###############################################################################
%Species
"Na" 23.0 11 "tm2" 0 0
%
###############################################################################
# 3. Coordinates.
###############################################################################
#PDBCoordinates = coords.pdb
#XYZCoordinates = coords.xyz
%Coordinates
"Na" 0.0 0.0 1.7 yes
"Na" 0.0 0.0 -1.7 yes
%
###############################################################################
# 4. Velocities.
###############################################################################
#XYZVelocities = vel.xyz
%Velocities
"Na" | 0.0 | 0.0 | 0.0
"Na" | 0.0 | 0.0 | 0.0
%
###############################################################################
# 5. Mesh description.
###############################################################################
BoxShape = cylinder
Xlength = 9.5
Radius = 10.0
Spacing = 0.3
DerivativesSpace = real_space
OrderDerivatives = 4
DoubleFFTParameter = 2.0
###############################################################################
# 6. States.
###############################################################################
SpinComponents = unpolarized
NumberkPoints = 1
ExcessCharge = 0
ExtraStates = 0
ElectronicTemperature = 0.0
###############################################################################
# 7. Hamiltonian.
###############################################################################
NonInteractingElectrons = no
ClassicPotential = no
LocalPotentialSpace = fourier_space
NonLocalPotentialSpace = real_space
###############################################################################
# 8. Exchange and Correlation.
###############################################################################
XFunctional = "LDA"
CFunctional = "PZ81"
###############################################################################
# 9. SCF
###############################################################################
MaximumIter = 200
ConvAbsDens = 1e-5
ConvRelDens = 0
ConvAbsEv = 0
ConvRelEv = 0
LCAOStart = yes
SCFinLCAO = no
EigenSolver = cg
EigenSolverInitTolerance = 1e-2
EigenSolverFinalTolerance = 1e-6
EigenSolverFinalToleranceIteration = 6
EigenSolverMaxIter = 25
What2Mix = density
TypeOfMixing = broyden
Mixing = 0.3
MixNumberSteps = 3
###############################################################################
# 10. Unoccupied states.
###############################################################################
UnoccNumberStates = 0
UnoccConv = 1.e-4
UnoccMaximumIter = 200
###############################################################################
# 11. Time Dependent.
###############################################################################
T = 10
dt = 0.001
TDMaximumIter = T/dt
TDEvolutionMethod = aetrs
TDExponentialMethod = standard
TDExpOrder = 4
TDLanczosTol = 1e-5
TDTimeStep = dt
intensity = 0.1
omega = 1.57
shape = 2
tau = 30
t0 = 30
#%TDLasers
#1 | 0 | 0 | intensity | omega | shape | tau | t0
#%
#TDGauge = 1 # length gauge assumed.
TDDeltaStrength = 0.01
%TDPolarization
0 | 0 | 1
%
AbsorbingBoundaries = no
ABWidth = 3.0
ABHeight = -4.0
TDOutputMultipoles = yes
TDDipoleLMax = 1
TDOutputLaser = no
TDOutputCoordinates = yes
TDOutputAngularMomentum = no
TDOutputGSProjection = no
TDOutputAcceleration = no
TDOutputElEnergy = no
TDOutputOccAnalysis = no
TDDipoleLMax = 1
MoveIons = no
TDOccupationalAnalysis = no
###############################################################################
# 12. Geometry optimization.
###############################################################################
GOMethod = steep
GOTolerance = 0.01
GOMaximumIter = 100
###############################################################################
# 13. Function output for visualization.
###############################################################################
OutputKSPotential = yes
OutputDensity = yes
OutputWfs = yes
OutputELF = yes
OutputGeometry = yes
OutputAxisX = yes
OutputAxisY = yes
OutputAxisZ = yes
OutputPlaneX = yes
OutputPlaneY = yes
OutputPlaneZ = yes
OutputDX = yes
OutputEvery = 10
###############################################################################
# 14. Spectrum calculations.
###############################################################################
SpecTransMode = "sin"
SpecDampMode = "exp"
SpecDampFactor = 0.1
SpecStartTime = 0.0
SpecEndTime = -1.0
SpecEnergyStep = 0.01
SpecMinEnergy = 0.0
SpecMaxEnergy = 20.0
HSPolarization = 'z'
###############################################################################
# 15. Varia.
###############################################################################
PoissonSolver = fft
PolStaticField = 0.001
RecipeLang = "en"
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: inp.log
Type: text/x-log
Size: 55068 bytes
Desc: not available
Url : http://tddft.org/pipermail/octopus-users/attachments/20050302/d8270ed4/inp-0001.bin
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